世贸组织的许多协议中均设有例外条款，各缔约方可以灵活运用这些条款，实行对本国有利的贸易政策和措施。

目前，发达国家使用次数较多，主要的例外条款有以下几项：

保障条款当一国某产品进口大量增加，对国内生产同类或直接竞争产品的产业造成严重冲击或损害威胁，例如发生开工不足、工人失业和利润率大幅下降等情况，该国可以实行临时性进口限制措施。进口“激增”可以是绝对量增长，也可是相对增长，即进口在不断缩小的市场中份额相对增加。保障条款的使用，从原则上讲不能针对某一特定国家的进口产品，实施保护的期限最长不超过4年。同时该行业必须进行结构调整，保护期可因此延至8年。最近，日本曾引用特别保障条款，对稻米进口实行配额制。

国际收支平衡例外。当一国遇到国际收支极度不平衡时，可以对进口实行限制。发展中国家在使用此例外条款时条件相对宽松，允许发展中国家为发展经济和维持金融地位而保持足够的外汇储备，但申请须经世贸组织工作组审查，并听取IMF的权威意见。

幼稚工业保护例外对本国新兴的、尚不具备竞争能力的工业，政府可以实行进口限制、提高关税、实行许可证、征收临时附加税等办法予以保护。

关税同盟和自由贸易区例外即关税同盟和自由贸易区成员间的贸易优惠可以不给予非成员国。如欧洲和北美自由贸易区等。

此外，还有安全例外和对发展中国家的特殊优惠待遇。如发展中国家给予发达国家的关税减让程度可以低于发达国家所提供的减让水平；允许发展中国家政府提供一定的出口补贴等。